No Windows 95/98/ME: se você utilizar um programa durante a desfragmentação, o estado do disco pode mudar e o algoritmo deverá recomeçar toda a operação.
No Windows NT/2000/XP/2003/Vista/7/8: o sistema de arquivo NTFS permite desfragmentar durante o funcionamento dos programas, sem recomeçar, mesmo se você continuar a trabalhar. No entanto, os arquivos em curso não serão desfragmentados.
Quando o Windows é iniciado, há um grande número de processos funcionando em segundo plano. Assim, para desfragmentar o melhor possível, é aconselhável reiniciar o Windows, em modo de segurança, e começar a desfragmentação! Ou utilizar um software de desfragmentação chamado desfragmentador!
Para iniciar a desfragmentação (para o Windows XP e outras versões, o procedimento é quase o mesmo), clique duas vezes no desktop, clique direito no disco a ser fragmentado e em Propriedades. Em seguida, clique em Ferramentas > Desfragmentar agora.
Como fazer a desfragmentação em linha de comando
Também é possível fazê-lo em linha de comando:desfrag c: -f
Dica: é possível fazê-lo mais rapidamente forçando a desfragmentação, antes de iniciar os programas:
Inicie o regedit, vá em HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce, clique direito na janela da direita, Novo > Valor cadeia, chame-a de Desfrag, clique duas vezes nela e digite
desfrag.exe c: -f, reinicie o Windows e conecte-se. A desfragmentação começará antes do lançamento dos outros programas.
Como desfragmentar somente um arquivo ou um diretório
E possível desfragmentar apenas um arquivo ou diretório com o freeware CONTIG da Microsoft.Por exemplo, para desfragmentar um arquivo:
contig meuarquivo.iso
Útil para gravar ou para as máquinas virtuais vmware.
Para desfragmentar um diretório (e subdiretórios):
contig -s c:\windows\*.*
Desfragmentar todos os arquivos do disco em plano de fundo (isto não implica na lentidão do computador):
start /low contig -s c:\*.*
Como desfragmentar com protetor de tela
Se você realmente quiser que o seu disco seja o menos fragmentado possível, existe uma solução radical que consiste em iniciar a desfragmentação cada vez que o protetor de tela for ativado:MyDefrag é um pequeno freeware que utiliza o sistema de desfragmentação integrado ao Windows para desfragmentar o seu disco. Como ele utiliza o API do Windows, ele é tão seguro quanto o desfragmentador do Windows.
Link. Baixe o MyDefrag e copie o arquivo JkDefragScreenSaver.scr no diretório do C:\Windows.
Como desfragmentar o arquivo de troca (swap)
Por padrão, o desfragmentador do Windows não pode desfragmentar o arquivo de troca (swap, pagefile.sys). Isso é um problema, já que a rapidez de acesso é fundamental para este arquivo. Da mesma forma, o Windows não pode desfragmentar os arquivos em curso, como o Registro do sistema. Existe um freeware que pode fazer isto, o PageDefrag.Execute o PageDefrag, selecione Defragment at next boot (Desfragmentação no próximo arranque) e clique em Ok. Reinicie o seu computador.
Fonte http://br.ccm.net/faq/
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